نظر به ضرورت اصلاح نظام مالی صندوق قرض الحسنه جهاد سازندگی نیز اصلاح قانون چک و لزوم انعکاس و گزارش عملکرد مالی صندوق به سازمان امور مالیاتی کشور، صندوق مرکزی با صدور دو نامه در پایان اسفند ماه سال 1399 بستن حساب صندوق مرکزی و شعب آن را که در قالب حساب مشترک اشخاص حقیقی دایر بود را پیگیری کرد.